A提高作物产量、改善作物品质。生物有机肥营养物质释放缓慢，氮素多以铵根离子或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量，直接参与植物细胞物质的合成，所以，使用生物有机肥后，植物生长快，积累必要的成分和干物质多，农产品质量好。
B提高土壤肥力，改善土壤理化性状。使用生物有机肥不仅能补充被消耗的有机肥料，而且还能不断提高土壤有机质含量。有机质经微生物分解后，可缩合成新的腐殖质，与土壤中其他物质结合，形成有机无机复合体，促进土壤中微团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾，改善土壤结构，使土壤疏松，提高耕性。
C调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐细菌、溶磷菌、光合细菌和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
D活化难溶化合物，提高土壤向供养能力。生物有机肥料中含有固氮微生物，该类微生物可通过其中固氮酶的作用将空气中的氮还原为可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素营养的一条重要途径。此外，生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐细菌，施入土壤后经增殖并与其他土壤微生物协同作用，可分解土壤中某些原次生矿物，并同时将这些矿物所固定的磷、钾等养分释放出来，把无效态磷、钾转化成可供作物吸收利用的有效态养分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
E改善土壤生态，减少植物病虫害的发生。在生物有机肥中含有多种特效菌，在微生物的生长繁殖过程中，能分泌出多种抗生素及植物生长激素，不但能抑制植物病原微生物的活动，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。